Nat Commun|国家蛋白质科学中心(北京)/解放军总医院团队合作解析肾细胞癌伴静脉癌栓的形成机制
2025年10月23日,《NatureCommunications》在线发表了来自国家蛋白质科学中心(北京)、中国人民解放军总医院团队的研究成果,论文题为“FAP+fibroblastsorchestratetumormicroenvironmentremodelinginrenalcellcarcinomawithtumorthrombus”。该研究通过单细胞和空间组学技术,从细胞和空间维度系统解析伴静脉癌栓肾细胞癌的肿瘤微环境及其空间组织特征,首次提出以FAP+成纤维细胞为核心的癌栓形成理论模型,揭示其通过促进肿瘤侵袭和免疫逃逸在癌栓形成中发挥关键作用,为临床癌栓新辅助治疗提供新思路。研究背景与概述静脉癌栓显著改变肾细胞癌分期与手术策略,增加手术风险并关联不良预后。新辅助治疗有望实现癌栓术前降级、降低手术难度并改善预后,但现有临床研究疗效不一,尚未形成共识。深入阐明癌栓发生发展机制,可为开发治疗标志物与药物靶点、优化新辅助策略提供依据。单细胞与空间组学技术揭示,肿瘤微环境的细胞构成、互作网络及空间结构与侵袭、转移、耐药密切相关。目前癌栓相关研究尚未系统解析伴静脉癌栓肾癌的微环境与空间结构。本研究采用单细胞与空间转录组测序,对比伴/不伴癌栓患者的癌旁、原发灶、癌栓组织,绘制肾癌单细胞空间图谱,解析关键细胞类型、空间结构与分子机制,并在多临床队列验证临床价值。一、细胞层面识别潜在癌栓相关细胞类型研究对14例伴癌栓、8例不伴癌栓患者共56例新鲜手术样本开展单细胞转录组测序,包括癌旁、原发灶及12例癌栓组织。-组织区域层面:原发灶与癌栓组织的细胞类型比例无统计学差异。-患者群体层面:伴癌栓患者原发灶成纤维细胞显著富集、NK细胞明显减少,并在TCGA-KIRC、公共单细胞数据集及多色免疫荧光中得到验证。-细胞互作:成纤维细胞在微环境中互作最活跃,且是伴癌栓原发灶中特异性激活互作最多的细胞类型,提示其在癌栓形成中的关键作用。二、空间层面识别潜在癌栓相关细胞类型利用10XVisiumFFPE平台对8例伴癌栓患者的4例原发灶、4例癌栓切片进行空间转录组测序,并整合40例多区域肾癌切片数据,构建肾癌空间组织图谱,识别出23个稳定细胞龛(cellniche,CN)。-成纤维细胞广泛参与空间结构构建,与多种细胞协同互作,扮演肿瘤微环境“脚手架”角色。-成纤维细胞与EMT-like肿瘤细胞、增殖性肿瘤细胞组成的CN15在伴癌栓患者中显著扩张,提示该结构与癌栓形成高度相关。三、FAP+成纤维细胞与肾癌癌栓形成密切相关联合单细胞与空间转录组深入解析间质亚群,发现:-肾癌存在显著间质重塑,血管周细胞与成纤维细胞功能状态明显改变。-FAP+成纤维细胞与CYSLTR2+成纤维细胞为主要肿瘤相关成纤维细胞(CAFs),在伴癌栓肾癌中显著富集。-FAP+成纤维细胞主导微环境互作,并参与构建癌栓相关空间结构CN15,是癌栓形成的核心细胞类型。四、单细胞多组学揭示周细胞-成纤维细胞转化结合scRNA-seq、scATAC-seq、空间转录组与轨迹分析,证实:-肿瘤周细胞是FAP+成纤维细胞的重要来源,CYSLTR2+成纤维细胞为过渡状态。-周细胞-成纤维细胞转化在癌栓形成中被过度激活。-CREB3L1、MEF2C为该转化的关键转录因子,分别调控FAP+成纤维细胞特征与转化启动。五、FAP+成纤维细胞调控肿瘤微环境的机制-免疫逃逸:FAP+成纤维细胞与NK细胞丰度/活性呈显著负相关,通过CXCL12-CXCR4、TGFB1-TGFBR等通路抑制NK细胞成熟与毒性,促进免疫逃逸。-肿瘤侵袭:FAP+成纤维细胞直接促进肾癌细胞增殖、迁移与侵袭,通过ECM-整合素通路驱动EMT-like肿瘤细胞侵袭,为癌栓形成提供动力。六、FAP+成纤维细胞的临床价值-预后评估:FAP+特征评分在晚期/高分级肾癌中显著升高,与不良总体生存相关,可作为恶性程度与预后指标。-疗效预测:在抗血管生成治疗(axitinib、sunitinib)组中,高FAP+评分与更差无进展生存相关,提示可预测抗血管生成药物疗效。-耐药提示:周细胞-成纤维细胞转化可能参与抗血管生成耐药,为机制研究与逆转策略提供线索。研究总结本研究首次绘制肾癌单细胞与空间组织图谱,系统揭示伴癌栓肾癌的微环境特征;提出以FAP+成纤维细胞为核心的癌栓形成模型,阐明其通过驱动侵袭与免疫逃逸参与癌栓发生;揭示周细胞-成纤维细胞转化路径及关键转录因子;并验证FAP+作为预后与疗效预测标志物的价值,为癌栓新辅助治疗提供全新靶点与策略。研究团队与基金支持共同第一作者马家铖(清华大学/国家蛋白质科学中心);黄燕(解放军总医院);陈洁(武汉大学人民医院/国家蛋白质科学中心);李杨(国家蛋白质科学中心)共同通讯作者贺福初院士、王晓文副研究员(国家蛋白质科学中心);黄庆波教授、马鑫教授(解放军总医院)基金支持国家重点研发计划、国家自然科学基金、CAMS医学科学创新基金论文信息Ma,J.,Huang,Y.,Chen,J.etal.FAP+fibroblastsorchestratetumormicroenvironmentremodelinginrenalcellcarcinomawithtumorthrombus.NatCommun16,9387(2025).https://doi.org/10.1038/s41467-025-64447-2