消化内科医学部派驻第三医学中心消化内科由原武警总医院消化内科转隶组成，成立于1998年，全科现有各类医务人员32人，高职专家6人，开设消化内科普通门诊、专家门诊、消化内科病房和消化内镜中心，并承担首长保健内镜诊疗工作。    

突出内镜诊疗工作:常规开展消化道早癌及癌前疾病治疗、食管胃底静脉曲张破裂出血治疗、消化道异物治疗、ERCP相关诊疗技术及难治性胃食管反流病微量射频治疗、消化系统常见病疑难病诊治和急危重症救治方面特色鲜明。

消化内科核心病种、疑难病例收治比例和诊治能力不断提高。先后获中华医学科技奖、军队科技进步奖二奖、北京市科技进步二等奖等。曾荣获“集体三等功”、“基层建设先进单位”、“集体嘉奖”、“‘四铁’先进单位”、“教学先进单位”，是解放军总医院表彰的“医德医风先进单位”。