病理科以泌尿与男性生殖系统病理诊断、教学及科研为特色，同时建立有女性生殖系统病理、宫颈细胞学病理、甲状腺细针穿刺病理、乳腺病理、消化系统病理、头颈部病理、内分泌系统病理以及胸部病理等多个亚专科，满足多领域诊疗需求。

承担中心常规活检、手术中冰冻、细胞学检查和外院切片会诊的病理诊断工作。科室现有活检、手术中冰冻、细胞学、免疫组化、特殊染色、PCR及荧光原位杂交（FISH）7个实验室。年均活体组织检查16800余例、细胞学检查9500余例、外院切片会诊650余例。

科室的医疗工作以制度化、规范化和标准化为特色，既往具有全军及中国医学装备协会病理装备技术专业委员免疫组化室间质控合格证书、卫健委临检中心及病理质控评价中心分子病理检测室间质评合格证书 。2023年至今先后参加中国医学装备协会、北京市以及PQCC等多个病理质量控制管理机构HE制片、免疫组化、特殊染色、PCR以及荧光原位杂交（FISH）检测共40余项，均高分通过。2025年参加国家癌症中心8个项目的单病种病理诊断能力验证，均以优异的成绩获得合格证书。

先后承担和完成了国家、军队和武警课题20余项。参与编写专著18部，发表论文300余篇，曾荣获军队科技进步二等奖3项，武警科技进步二等奖6项，三等奖10项。

承担多所医学院校实习生及进修生培养，以“四生”培训、导师制及“三全”育人模式获院校好评。